核酸杂交试验是检测HPV感染的重要的手段，包括斑点印迹法（dot blot hybridization）、组织原位杂交法、核酸印记法（Southern blot hybridization）。这些方法的特异度和敏感度均较高，是诊断HPV感染的敏感而可靠的方法。但技术操作繁琐，临床上没有普遍开展。